Il territorio comunale può essere suddiviso in due macro aree: una, dall’aspetto collinare, si estende sostanzialmente a nord-ovest dell’abitato, si presenta con dolci colline e terrazzamenti con muretti a secco e numerosissimi trulli; l’altra declina lentamente verso la piana salentina. Proprio per questi motivi Ceglie Messapica viene considerata uno degli ultimi lembi meridionali della Murgia. L’altitudine del territorio comunale varia tra i 148 metri s.l.m. della foggia Palagogna e i 385 metri m s.l.m. di Contrada Alfieri. L’abitato invece è posto a un’altezza di 298 metri s.l.m., si estende su due colli, uno dei quali interamente occupato dal centro storico e dalla zona ottocentesca.

Nel territorio sono numerose le forme carsiche (doline, grotte, inghiottitoi, lame): esse hanno un rilevante valore paesaggistico, ambientale, naturalistico ma anche storico-archeologico, in quanto spesso, le grotte in particolare, erano già in epoca preistorica sede privilegiata per gli insediamenti umani. La presenza di diffusi fenomeni carsici è strettamente connessa alle caratteristiche del substrato geologico di questo territorio: ovunque affiorano infatti strati di rocce calcareo-dolomitiche, spessi alcune migliaia di metri e molto fessurate. Le rocce calcaree sono a tratti ricoperte da strati, spesso di esiguo spessore, di “terre rosse”, localizzate in particolare nelle aree morfologicamente più depresse, quali le doline e i letti dei principali solchi erosivi.

Nel territorio di Ceglie risultano essere censite 53 tra cavità, grotte e fratture verticali chiamate dai contadini capivienti o vole. Elenco delle grotte di Ceglie Messapica: Grotta Recupero 1 e 2, Grotte di Montevicoli, Grotta di Zizze, Grotta-Cripta di San Michele, Grotta-Cripta della Madonna della Grotta, Grotta Abbondanza 1,2 e 3, Grotta Masseria Iazzo (wanda), Grotta del Frantoio, Grotta Donna Lucrezia, Grotta di Nisco, Grotta Masseria le Croci 1 e 2, Grotta San Pietro, Grotta dei Grilli, Grotta Abate Nicola, Grotta Olmo, Grotta di Fedele Grande (Grotta del Cavaddone), Pozzo Alfieri, Vora dell’Olmo, Grotta Sardella 1, 2 e 3, Grotta dei Messapi, Grotta Antelmi, Grotta della Cantina, Grotta delle Meraviglie, Grotta Madonna Piccola, Grotta Tagliente, Grotta Marangi, Vora di Castelluzzo, Grotta Abate Amato, Vora Facciasquata, Inghiottitoio Facciasquata, Grotta Ciarlete, Grotta del Frantoio Scolepie, Grotta Angeluzzi 1 e 2, Grotta Montagnulo, Grave Vuotolo Rosso, Grotta specchia Abate Amato, Voraginetta Insarti, Inghiottitoio Lecci, Grottina di San Pietro, Grotta Madonna della Grotta 2, Grotta Masseria Tamburo, Grotta Insarti, Grotta del Campo Sportivo, Grotta del Monte Vecchio, Grotta Masseria San Pietro.

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